是西藏宁玛派的主寺，位于扎囊县扎囊河以东的扎期区。寺院坐西朝东，四面群山环抱，山青水秀，环境十分优美。17世纪中叶由藏传佛教宁玛派（红教）僧人居美多吉主持兴建。
清康熙五十七年（1718年）蒙古准噶尔部军队侵扰西藏期间，寺院建筑遭到严重破坏，颇罗鼐掌管西藏地方政权期间（1728—1747）又加以重修。
敏珠林寺面积约10万余平方米，主殿祖拉康墙壁上绘有多头多臂、面目狰狞的佛像，这是宁玛派寺院的一大特点。按藏传佛教的解释，这些威赫忿怒的护法神灵，是寺院防御敌人和恶魔的守卫者，被称为"护法神"。从艺术角度说，这种造型粗放、夸张的神灵形象，是西藏密宗艺术的代表。主殿第三层有两个佛殿，其中一个喇嘛拉康佛殿内，绘有历代著名宁玛派喇嘛像。
敏珠林寺注重研习天文历算、医学，并以书法优美著称。依以往惯例，由敏珠林寺选派高僧，一部分担任设在布达拉宫内的僧官学院的教师，另一部分人则到门孜康负责研究历算和编写修订《藏历年表》。
敏珠林寺的僧人可以娶妻生子，在寺主的继承上是以父子或翁婿传承，并不完全限定在父子血统关系上。敏珠林寺在研究宁玛派的历史、教义等方面，具有十分重要的地位。