喀斯特地貌让神农架巍巍群山和茫茫林海中掩藏着数以万计的洞穴，长达15公里的红坪画廊峡谷，把三瀑四桥五潭六洞七塔八寨以及三十六峰融为一体。许多洞穴下面终年流淌着不知道哪里来的水流，甚至还养育着鱼群。据说在每年的第一声春雷响过之后，一些洞穴就开始出鱼，一尾尾筷子长短、无鳞、洁白的鱼便争相涌出洞口。还有万燕栖息的燕子洞、时冷时热的冷热洞、盛夏冰封的冰洞、树蛙成群的青蛙洞等等，个个神秘离奇。
就连有“高山平原”之称的大九湖，也有众多地下洞穴。一条河像银线般把九个湖泊连在一起，从东南方向流到北头的山脚下，却突然消失在一个天坑中，人称“落水孔”。这里有许多天然石缝、洞穴，哪怕山洪暴发，整个盆地的积水也只要三两天就能全部排完。
古老的豌豆角漂流
神农溪，听名字就很像一条从远古流淌而来的河流，事实上也正是这样。历史在这里留下的斑斑足迹依稀可辨，崖壁上散布着古栈遗迹，危崖千仞的半山腰残留着古代巴人和僚人的崖葬悬棺，还有诡秘莫测的土家先民居住的洞穴。当然，最有趣的是神农溪的“豌豆角”扁舟，这是由历史上的先民遗物“土船”承传演变而来。
神农溪四季都可以漂流，它的源头是“神农泉”，不受雨旱影响，源源不断地从鸡公山腹部喷涌而出，汇入长江。神农溪迂回曲折，滩险水急，相对落差2900米，大小滩40多道。漂流使用的就是“豌豆角”扁舟，这种古味加土味的小船会使你更增加原始的野趣。
随“豌豆角”漂进“神农三峡”吧，第一峡锦竹峡两岸山上被锦竹覆盖，郁郁葱葱。峡间格外幽静，只是偶尔几声鸟鸣或几声纤夫的号子，更使人有一种远离尘世的感觉。过锦竹峡后是多奇峰异景的鹦鹉峡，神农溪最大的溶洞“燕子阡”就在这里，洞高80米，宽30米，岩壁顶上常年栖息着成千上万的短嘴金丝燕，泛舟穿过时，满天的燕子在你的头上盘旋。第三峡龙昌峡两侧都是80度至90度的绝壁，长10里的龙昌洞并非石洞，浮舟可以自由往来其间。出了龙昌峡就到了神农溪与长江的交汇处，在这里，神农架景区与长江三峡脉脉相连。